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什么是肽?肽键与氨基酸序列详解

氨基酸如何通过肽键连接,二肽、寡肽、多肽和蛋白质有何区别,以及如何阅读肽序列及其末端基团。

什么是肽

肽是由肽键连接起来的氨基酸链。每个氨基酸都有一个氨基、一个羧基和一条侧链;二十种标准氨基酸只在侧链上不同,构成了大多数天然肽和蛋白质。链中氨基酸的排列顺序称为序列,它决定了这是哪一种肽。

例如,GHK 就是甘氨酸、组氨酸和赖氨酸按这个顺序连接而成的。改变顺序或换掉其中一个氨基酸,得到的就是另一种肽,名称、分子式和质量都不同。

肽键是如何形成的

肽键是一个氨基酸的羧基与下一个氨基酸的氨基之间形成的酰胺键。形成肽键时会脱去一分子水,所以这是缩合反应;把水加回去,肽键又会断开,这就是水解。由于 C–N 键带有部分双键性质,其周围的原子处在同一平面上,不能自由旋转,这影响着肽链如何折叠。

每形成一个肽键就脱去一分子水,所以肽的分子量等于各氨基酸分子量之和,再减去每个肽键约 18.02。以 KPV(赖氨酸、脯氨酸、缬氨酸)为例:146.19 + 115.13 + 117.15 = 378.47,378.47 − 2 × 18.02 = 342.43,与其化合物资料中的分子量一致。

在实验室中,肽是一次连接一个氨基酸、逐个形成这些键而合成的,通常采用固相肽合成,然后经 HPLC 纯化并冻干。

二肽、寡肽、多肽和蛋白质

肽按链中氨基酸的数目命名。这些界限是约定俗成的,并非固定规则,不同教科书划分的位置也略有不同。

区分蛋白质与长肽的主要是结构:蛋白质会折叠成稳定的三维形状,常常由几条链组成,而大多数短肽没有固定的折叠。

肽的大小术语
术语氨基酸数目说明与示例
二肽2甘氨酰甘氨酸(Gly-Gly),常用作缓冲剂。
三肽3GHK(Gly-His-Lys)和 KPV(Lys-Pro-Val)。
寡肽最多约 20SNAP-8(乙酰基八肽-3)含 8 个。
多肽约 20 以上任何更长的无支链肽链;也指蛋白质中的每一条链。
蛋白质通常约 50 以上一条或多条多肽链折叠成确定的结构。

如何阅读肽序列

序列从 N 端(带游离氨基的一端)写到 C 端(带游离羧基的一端),可以用三字母代码,例如 Gly-His-Lys,也可以用单字母代码,例如 GHK。

前缀和后缀表示末端基团:H- 表示游离的氨基端,Ac- 表示乙酰化的氨基端;-OH 表示游离酸,-NH2 表示酰胺。SNAP-8 写作 Ac-EEMQRRAD-NH2:八个氨基酸,N 端带乙酰基,C 端为酰胺。其他记法还会标出 D-氨基酸、环肽以及两个半胱氨酸之间的二硫键。

二十种标准氨基酸及其代码
氨基酸三字母代码单字母代码
甘氨酸GlyG
丙氨酸AlaA
缬氨酸ValV
亮氨酸LeuL
异亮氨酸IleI
脯氨酸ProP
苯丙氨酸PheF
色氨酸TrpW
甲硫氨酸MetM
丝氨酸SerS
苏氨酸ThrT
半胱氨酸CysC
酪氨酸TyrY
天冬酰胺AsnN
谷氨酰胺GlnQ
天冬氨酸AspD
谷氨酸GluE
赖氨酸LysK
精氨酸ArgR
组氨酸HisH

不在序列中的键和组成部分

肽类分子中的连接并不都是标准肽键。谷胱甘肽(γ-L-谷氨酰-L-半胱氨酰甘氨酸)是通过谷氨酸侧链上的羧基、而不是主链羧基连接的,即 γ-谷氨酰键,所以按组成它是三肽,但不是标准三肽。

材料的其他组成部分会出现在分子式中,却不在序列中。在 GHK-Cu 中,铜(II) 与三肽 GHK 结合。合成肽通常以盐的形式供应,例如醋酸盐或三氟乙酸盐,这些反离子会增加重量,但不属于肽链。这些细节会改变分子式和分子量,所以请在化合物资料和分析证书上核对。

比较肽材料时要核对什么

序列及其末端基团决定了一种肽。比较两种材料时,请核对:

  • 完整序列,包括末端基团,而不只是名称:名称相同的两种材料,末端可能不同。
  • 分子式和分子量是否与序列相符:乙酰基约增加 42,酰胺端比游离酸约轻 1。
  • 质谱(确认肽链的质量)和 HPLC 纯度(显示检出信号中主峰所占的比例)。
  • 供应形式:肽在溶液中比在干燥固体中变化得快,原因包括肽键水解以及氧化、脱酰胺等反应,这也是肽通常以冻干形式供应的原因之一。

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