جدول رموز الأحماض الأمينية
تتبع المقابلات توصيات IUPAC وIUB لتسمية الأحماض الأمينية. يغطي الجدول المجموعة القياسية، وليس قائمة بكل الأحماض الأمينية أو البقايا المعدلة التي تظهر في الأبحاث.
| الحمض الأميني | رمز الأحرف الثلاثة | رمز الحرف الواحد |
|---|---|---|
| أرجينين | Arg | R |
| أسباراجين | Asn | N |
| ألانين | Ala | A |
| آيزوليوسين | Ile | I |
| برولين | Pro | P |
| تريبتوفان | Trp | W |
| تيروسين | Tyr | Y |
| ثريونين | Thr | T |
| حمض الأسبارتيك | Asp | D |
| حمض الغلوتاميك | Glu | E |
| سيرين | Ser | S |
| سيستين | Cys | C |
| غلايسين | Gly | G |
| غلوتامين | Gln | Q |
| فالين | Val | V |
| فينيل ألانين | Phe | F |
| ليسين | Lys | K |
| ليوسين | Leu | L |
| ميثيونين | Met | M |
| هستيدين | His | H |
كيف تقرأ تسلسلًا ببتيديًا قصيرًا
يُقرأ التسلسل الخطي البسيط من الطرف N نحو الطرف C. استبدل كل رمز من حرف واحد برمز الأحرف الثلاثة المقابل دون تغيير الترتيب.
مثلًا، يصبح التسلسل التوضيحي AGKS:
Ala–Gly–Lys–Ser
أي ألانين وغلايسين وليسين وسيرين بهذا الترتيب. يحتوي المثال على أربع بقايا، وهو تمرين على الترميز وليس مواصفة منتج ولا ادعاءً عن نشاط بيولوجي.
إذا ذكر مستند بدلًا من ذلك SGKA فترتيب البقايا مختلف. ومن طرق التحقق اليدوي المفيدة ترقيم المواضع قبل مقارنة سجلين:
هنا يختلف الموضعان 1 و4. احتفظ بالتسلسل الأصلي بجانب تحويلك كي يستطيع قارئ آخر إعادة التحقق من النقل.
| الموضع | 1 | 2 | 3 | 4 |
|---|---|---|---|---|
| السجل الأول | A | G | K | S |
| السجل الثاني | S | G | K | A |
D رمز، أما D- فبادئة للشكل الفراغي
في ترميز الحرف الواحد يعني D حمض الأسبارتيك، ولا يعني أن البقية التالية ذات شكل فراغي D.
في ترميز الأحرف الثلاثة تدل بادئة مثل D-Ala على D-ألانين. ويدل رمز الحمض الأميني دون بادئة عادةً على الشكل L للأحماض الأمينية الكيرالية ما لم يُذكر غير ذلك. والكتابة المعتادة لرمز الأحرف الثلاثة حرف كبير يليه حرفان صغيران، مثل Ala أو Gln. راجع توصيات IUPAC-IUB بشأن رموز الأحرف الثلاثة.
عند قراءة حقل التسلسل لدى مورد، راجع مفتاح الترميز لديه قبل تحويل الأحرف الصغيرة أو الأقواس المعقوفة أو الرموز الخاصة الأخرى. وإذا لم يكن الاصطلاح واضحًا، فاحتفظ بالترميز الأصلي في سجلاتك.
احتفظ بالمجموعات الطرفية وملاحظات التعديل
قد تكون سلسلة رموز البقايا القياسية جزءًا فقط من وصف الببتيد، فالمجموعات الطرفية والتعديلات قد تتطلب ترميزًا إضافيًا.
مثلًا، يدل Ac-Gly على N-أسيتيل غلايسين. وقد يدل -NH₂ الطرفي على أميد في ترميز التسلسل المعني، فلا ينبغي حذفه دون إشارة عند نسخ مواصفة. ولدى IUPAC اصطلاحات مستقلة للأحماض الأمينية المستبدلة والمجموعات الطرفية.
عند مقارنة المستندات، سجّل ترتيب البقايا وتسميات الأطراف ومواضع التعديل في حقول منفصلة وواضحة العناوين. ولا تختصر تسلسلًا موصوفًا إلى سلسلة أحرف مجردة ثم تعامل الوصفين على أنهما متبادلان.
استخدام الجدول عند مقارنة بند في الكتالوج
استخدم الجدول وسيلة مساعدة للقراءة. فالتحويل الصحيح للرموز لا يؤكد هوية المادة أو نقاوتها أو الكمية المتاحة أو وثائق الدفعة الحالية.
في طلب الشراء، سجّل رقم الكتالوج وانسخ التسلسل الكامل أو وصف الهوية من المستند المصدر. وعلّم أي اختلاف لتوضيحه قبل افتراض أن بندين يشيران إلى المادة نفسها.
يعرض كتالوج منتجات NorthVerity Bio وصفحة التواصل الخطوات التالية للاستفسار عن بند محدد. اذكر رقم الكتالوج والحقل الدقيق الذي تحتاج إلى توضيحه.
مراجع الترميز
للأبحاث المخبرية فقط. ليس للاستخدام البشري أو الحيواني.