Die Aminosäuren-Tabelle
Die Zuordnungen folgen den Empfehlungen von IUPAC und IUB zur Aminosäure-Nomenklatur. Die Tabelle umfasst den Standardsatz; sie ist keine Liste aller Aminosäuren oder modifizierten Reste, die in der Forschung vorkommen.
| Aminosäure | Code (3 Buchstaben) | Code (1 Buchstabe) |
|---|---|---|
| Alanin | Ala | A |
| Arginin | Arg | R |
| Asparagin | Asn | N |
| Asparaginsäure | Asp | D |
| Cystein | Cys | C |
| Glutamin | Gln | Q |
| Glutaminsäure | Glu | E |
| Glycin | Gly | G |
| Histidin | His | H |
| Isoleucin | Ile | I |
| Leucin | Leu | L |
| Lysin | Lys | K |
| Methionin | Met | M |
| Phenylalanin | Phe | F |
| Prolin | Pro | P |
| Serin | Ser | S |
| Threonin | Thr | T |
| Tryptophan | Trp | W |
| Tyrosin | Tyr | Y |
| Valin | Val | V |
Eine kurze Peptidsequenz lesen
Eine einfache lineare Sequenz liest man vom N-Terminus zum C-Terminus. Ersetzen Sie jedes Einbuchstabensymbol durch den passenden Dreibuchstabencode und behalten Sie die Reihenfolge bei.
Die Beispielsequenz AGKS wird zum Beispiel zu:
Ala–Gly–Lys–Ser
Das sind Alanin, Glycin, Lysin und Serin in dieser Reihenfolge. Das Beispiel enthält vier Reste. Es ist eine Übung zur Schreibweise, keine Produktspezifikation und keine Aussage über biologische Aktivität.
Steht in einem Dokument stattdessen SGKA, ist die Reihenfolge der Reste eine andere. Eine nützliche manuelle Prüfung ist es, die Positionen zu nummerieren, bevor Sie zwei Einträge vergleichen:
Hier unterscheiden sich die Positionen 1 und 4. Bewahren Sie die Originalsequenz neben Ihrer Umschreibung auf, damit eine andere Person die Übertragung nachprüfen kann.
| Position | 1 | 2 | 3 | 4 |
|---|---|---|---|---|
| Erster Eintrag | A | G | K | S |
| Zweiter Eintrag | S | G | K | A |
D ist ein Code, D- ist ein Konfigurationspräfix
In der Einbuchstabenschreibweise steht D für Asparaginsäure. Es bedeutet nicht, dass der folgende Rest D-konfiguriert ist.
In der Dreibuchstabenschreibweise bezeichnet ein Präfix wie D-Ala das D-Alanin. Ein einfaches Aminosäuresymbol steht bei chiralen Aminosäuren üblicherweise für die L-Konfiguration, sofern keine andere angegeben ist. Die übliche Schreibweise des Dreibuchstabencodes beginnt mit einem Großbuchstaben, gefolgt von zwei Kleinbuchstaben, etwa Ala oder Gln. Siehe die IUPAC-IUB-Empfehlungen zu den Dreibuchstabensymbolen.
Prüfen Sie beim Lesen eines Sequenzfelds den Notationsschlüssel des Lieferanten, bevor Sie Kleinbuchstaben, Klammern oder andere Sonderzeichen umschreiben. Ist die Konvention unklar, bewahren Sie die Originalschreibweise in Ihren Unterlagen auf.
Endgruppen und Modifikationsangaben erhalten
Eine Folge von Standardcodes kann nur ein Teil einer Peptidbeschreibung sein. Endgruppen und Modifikationen können zusätzliche Angaben erfordern.
So bezeichnet Ac-Gly N-Acetylglycin. Ein endständiges -NH₂ kann in der jeweiligen Sequenzschreibweise ein Amid anzeigen; es sollte beim Kopieren einer Spezifikation nicht stillschweigend entfallen. IUPAC hat eigene Konventionen für substituierte Aminosäuren und Endgruppen.
Halten Sie beim Vergleich von Dokumenten Restfolge, Endgruppenangaben und Modifikationspositionen in getrennten, klar beschrifteten Feldern fest. Kürzen Sie eine annotierte Sequenz nicht auf eine reine Buchstabenfolge, um beide Beschreibungen dann als austauschbar zu behandeln.
Die Tabelle beim Vergleich eines Katalogartikels nutzen
Nutzen Sie die Tabelle als Lesehilfe. Eine korrekte Umschreibung der Codes bestätigt weder Identität noch Reinheit, verfügbare Menge oder die Dokumente der aktuellen Charge eines Materials.
Notieren Sie für eine Beschaffungsanfrage die Katalognummer und übernehmen Sie die vollständige Sequenz oder Identitätsbeschreibung aus dem Quelldokument. Markieren Sie jede Abweichung zur Klärung, bevor Sie annehmen, dass sich zwei Einträge auf dasselbe Material beziehen.
Der Produktkatalog und die Kontaktseite von NorthVerity Bio zeigen die nächsten Schritte für eine artikelbezogene Anfrage. Geben Sie die Katalognummer und das genaue Feld an, das geklärt werden soll.
Quellen zur Notation
Nur für Laborforschung. Nicht zur Anwendung an Menschen oder Tieren.