Tabla de aminoácidos: códigos de una y tres letras

La tabla de códigos de aminoácidos

Las correspondencias siguen las recomendaciones de nomenclatura de aminoácidos de la IUPAC y la IUB. La tabla abarca el conjunto estándar; no es una lista de todos los aminoácidos ni de los residuos modificados que aparecen en investigación.

Cómo leer una secuencia peptídica corta

Una secuencia lineal simple se lee del extremo N-terminal al C-terminal. Sustituya cada símbolo de una letra por su código de tres letras sin cambiar el orden.

Por ejemplo, la secuencia ilustrativa AGKS se convierte en:

Ala–Gly–Lys–Ser

Es decir, alanina, glicina, lisina y serina, en ese orden. El ejemplo contiene cuatro residuos. Es un ejercicio de notación, no una especificación de producto ni una afirmación sobre actividad biológica.

Si un documento indica SGKA, el orden de los residuos es distinto. Una comprobación manual útil es numerar las posiciones antes de comparar dos registros:

Aquí difieren las posiciones 1 y 4. Conserve la secuencia original junto a su conversión para que otra persona pueda repetir la comprobación de la transcripción.

D es un código; D- es un prefijo de configuración

En la notación de una letra, D significa ácido aspártico. No indica que el residuo siguiente tenga configuración D.

En la notación de tres letras, un prefijo como D-Ala indica D-alanina. Un símbolo de aminoácido sin prefijo denota normalmente la configuración L en los aminoácidos quirales, salvo que se indique otra. La grafía convencional de tres letras lleva una mayúscula seguida de dos minúsculas, como Ala o Gln. Consulte la guía de la IUPAC-IUB sobre los símbolos de tres letras.

Al leer el campo de secuencia de un proveedor, revise su clave de notación antes de traducir minúsculas, llaves u otros caracteres especiales. Si la convención no está clara, conserve la notación original en sus registros.

Conserve los grupos terminales y las notas de modificación

Una cadena de códigos de residuos estándar puede ser solo una parte de la descripción de un péptido. Los grupos terminales y las modificaciones pueden requerir notación adicional.

Por ejemplo, Ac-Gly indica N-acetilglicina. Un -NH₂ terminal puede indicar una amida en la notación de secuencia correspondiente; no debe descartarse en silencio al copiar una especificación. La IUPAC tiene convenciones propias para aminoácidos sustituidos y grupos terminales.

Al comparar documentos, registre el orden de residuos, las anotaciones terminales y las posiciones de modificación en campos separados y bien rotulados. No reduzca una secuencia anotada a una simple cadena de letras para tratar luego ambas descripciones como intercambiables.

Uso de la tabla al comparar un artículo del catálogo

Use la tabla como ayuda de lectura. Una conversión correcta de códigos no confirma la identidad, la pureza, la cantidad disponible ni la documentación del lote actual de un material.

Para una consulta de compra, anote el número de catálogo y copie la secuencia completa o la descripción de identidad del documento de origen. Señale cualquier discrepancia para aclararla antes de suponer que dos fichas se refieren al mismo material.

El catálogo de productos y la página de contacto de NorthVerity Bio indican los siguientes pasos para una consulta sobre un artículo concreto. Incluya el número de catálogo y el campo exacto que necesita aclarar.