Liste des acides aminés : codes à une et à trois lettres

Le tableau des codes des acides aminés

Les correspondances suivent les recommandations de nomenclature des acides aminés de l’IUPAC et de l’IUB. Ce tableau couvre l’ensemble standard ; ce n’est pas une liste de tous les acides aminés ni des résidus modifiés rencontrés en recherche.

Lire une courte séquence peptidique

Une séquence linéaire simple se lit de l’extrémité N-terminale vers l’extrémité C-terminale. Remplacez chaque symbole à une lettre par le code à trois lettres correspondant, sans changer l’ordre.

Par exemple, la séquence d’illustration AGKS devient :

Ala–Gly–Lys–Ser

C’est-à-dire alanine, glycine, lysine et sérine, dans cet ordre. L’exemple contient quatre résidus. C’est un exercice de notation, pas une spécification de produit ni une affirmation sur une activité biologique.

Si un document indique SGKA, l’ordre des résidus est différent. Une vérification manuelle utile consiste à numéroter les positions avant de comparer deux enregistrements :

Ici, les positions 1 et 4 diffèrent. Conservez la séquence d’origine à côté de votre conversion pour qu’une autre personne puisse refaire la vérification de la transcription.

D est un code ; D- est un préfixe de configuration

En notation à une lettre, D désigne l’acide aspartique. Il ne signifie pas que le résidu suivant a la configuration D.

En notation à trois lettres, un préfixe comme D-Ala désigne la D-alanine. Un symbole d’acide aminé sans préfixe désigne normalement la configuration L pour un acide aminé chiral, sauf indication contraire. L’écriture conventionnelle à trois lettres comporte une majuscule suivie de deux minuscules, comme Ala ou Gln. Voir les recommandations IUPAC-IUB sur les symboles à trois lettres.

En lisant le champ de séquence d’un fournisseur, vérifiez sa clé de notation avant de convertir des minuscules, des accolades ou d’autres caractères spéciaux. Si la convention n’est pas claire, conservez la notation d’origine dans vos dossiers.

Conserver les groupes terminaux et les mentions de modification

Une suite de codes de résidus standard peut n’être qu’une partie de la description d’un peptide. Les groupes terminaux et les modifications peuvent exiger une notation supplémentaire.

Par exemple, Ac-Gly désigne la N-acétylglycine. Un -NH₂ terminal peut indiquer un amide dans la notation de séquence concernée ; il ne doit pas disparaître sans mention lors de la copie d’une spécification. L’IUPAC prévoit des conventions distinctes pour les acides aminés substitués et les groupes terminaux.

Pour comparer des documents, notez l’ordre des résidus, les annotations terminales et les positions de modification dans des champs séparés et clairement intitulés. Ne réduisez pas une séquence annotée à une simple chaîne de lettres pour traiter ensuite les deux descriptions comme interchangeables.

Utiliser le tableau pour comparer un article du catalogue

Considérez le tableau comme une aide à la lecture. Une conversion de codes correcte ne confirme ni l’identité, ni la pureté, ni la quantité disponible, ni les documents du lot actuel d’un matériau.

Pour une demande d’achat, notez la référence du catalogue et recopiez la séquence complète ou la description d’identité du document source. Signalez tout écart pour clarification avant de supposer que deux fiches désignent le même matériau.

Le catalogue de produits et la page de contact de NorthVerity Bio indiquent les étapes suivantes pour une demande portant sur un article. Indiquez la référence du catalogue et le champ précis à clarifier.