Tabela de aminoácidos: códigos de uma e de três letras

A tabela de códigos de aminoácidos

As correspondências seguem as recomendações de nomenclatura de aminoácidos da IUPAC e da IUB. A tabela cobre o conjunto padrão; não é uma lista de todos os aminoácidos ou resíduos modificados encontrados em pesquisa.

Como ler uma sequência peptídica curta

Uma sequência linear simples é lida da extremidade N-terminal para a C-terminal. Substitua cada símbolo de uma letra pelo código de três letras correspondente, sem alterar a ordem.

Por exemplo, a sequência ilustrativa AGKS fica assim:

Ala–Gly–Lys–Ser

Ou seja, alanina, glicina, lisina e serina, nessa ordem. O exemplo tem quatro resíduos. É um exercício de notação, não uma especificação de produto nem uma afirmação sobre atividade biológica.

Se um documento indicar SGKA, a ordem dos resíduos é outra. Uma conferência manual útil é numerar as posições antes de comparar dois registros:

Aqui, as posições 1 e 4 são diferentes. Mantenha a sequência original ao lado da sua conversão para que outra pessoa possa repetir a conferência da transcrição.

D é um código; D- é um prefixo de configuração

Na notação de uma letra, D significa ácido aspártico. Não indica que o resíduo seguinte tenha configuração D.

Na notação de três letras, um prefixo como D-Ala indica D-alanina. Um símbolo de aminoácido sem prefixo normalmente indica a configuração L para um aminoácido quiral, salvo indicação em contrário. A grafia convencional de três letras usa uma maiúscula seguida de duas minúsculas, como Ala ou Gln. Consulte a orientação da IUPAC-IUB sobre os símbolos de três letras.

Ao ler o campo de sequência de um fornecedor, verifique a legenda de notação antes de converter letras minúsculas, chaves ou outros caracteres especiais. Se a convenção não estiver clara, preserve a notação original nos seus registros.

Preserve grupos terminais e notas de modificação

Uma sequência de códigos de resíduos padrão pode ser apenas parte da descrição de um peptídeo. Grupos terminais e modificações podem exigir notação adicional.

Por exemplo, Ac-Gly indica N-acetilglicina. Um -NH₂ terminal pode indicar uma amida na notação de sequência correspondente; ele não deve ser descartado em silêncio ao copiar uma especificação. A IUPAC tem convenções próprias para aminoácidos substituídos e grupos terminais.

Ao comparar documentos, registre a ordem dos resíduos, as anotações terminais e as posições de modificação em campos separados e bem identificados. Não reduza uma sequência anotada a uma simples sequência de letras para depois tratar as duas descrições como equivalentes.

Como usar a tabela ao comparar um item do catálogo

Use a tabela como apoio de leitura. Uma conversão correta dos códigos não confirma a identidade, a pureza, a quantidade disponível nem os documentos do lote atual de um material.

Para uma consulta de compra, anote o número de catálogo e copie a sequência completa ou a descrição de identidade do documento de origem. Sinalize qualquer divergência para esclarecimento antes de presumir que dois anúncios se referem ao mesmo material.

O catálogo de produtos e a página de contato da NorthVerity Bio mostram os próximos passos para uma consulta sobre um item. Informe o número de catálogo e o campo exato que precisa ser esclarecido.