Таблица кодов аминокислот
Соответствия приведены по рекомендациям IUPAC–IUB по номенклатуре аминокислот. Таблица охватывает стандартный набор; это не перечень всех аминокислот и модифицированных остатков, встречающихся в исследованиях.
| Аминокислота | Код (3 буквы) | Код (1 буква) |
|---|---|---|
| Аланин | Ala | A |
| Аргинин | Arg | R |
| Аспарагин | Asn | N |
| Аспарагиновая кислота | Asp | D |
| Валин | Val | V |
| Гистидин | His | H |
| Глицин | Gly | G |
| Глутамин | Gln | Q |
| Глутаминовая кислота | Glu | E |
| Изолейцин | Ile | I |
| Лейцин | Leu | L |
| Лизин | Lys | K |
| Метионин | Met | M |
| Пролин | Pro | P |
| Серин | Ser | S |
| Тирозин | Tyr | Y |
| Треонин | Thr | T |
| Триптофан | Trp | W |
| Фенилаланин | Phe | F |
| Цистеин | Cys | C |
Как читать короткую пептидную последовательность
Простую линейную последовательность читают от N-конца к C-концу. Замените каждый однобуквенный символ соответствующим трёхбуквенным кодом, не меняя порядка.
Например, условная последовательность AGKS записывается так:
Ala–Gly–Lys–Ser
То есть аланин, глицин, лизин и серин — именно в таком порядке. В примере четыре остатка. Это упражнение по записи, а не спецификация продукта и не утверждение о биологической активности.
Если в документе указано SGKA, порядок остатков другой. Полезная ручная проверка — пронумеровать позиции перед сравнением двух записей:
Здесь различаются позиции 1 и 4. Храните исходную последовательность рядом с расшифровкой, чтобы проверку мог повторить другой человек.
| Позиция | 1 | 2 | 3 | 4 |
|---|---|---|---|---|
| Первая запись | A | G | K | S |
| Вторая запись | S | G | K | A |
D — это код, а D- — префикс конфигурации
В однобуквенной записи D означает аспарагиновую кислоту. Это не значит, что следующий остаток имеет D-конфигурацию.
В трёхбуквенной записи префикс вроде D-Ala обозначает D-аланин. Символ аминокислоты без префикса для хиральных аминокислот обычно означает L-конфигурацию, если не указано иное. В принятом написании трёхбуквенного кода первая буква заглавная, две следующие строчные, например Ala или Gln. См. рекомендации IUPAC–IUB по трёхбуквенным символам.
Читая поле последовательности у поставщика, сначала проверьте его ключ обозначений и только потом переводите строчные буквы, фигурные скобки или другие специальные символы. Если правило неясно, сохраните исходную запись в своих документах.
Сохраняйте концевые группы и сведения о модификациях
Строка стандартных кодов остатков может быть лишь частью описания пептида. Концевые группы и модификации могут требовать дополнительных обозначений.
Например, Ac-Gly обозначает N-ацетилглицин. Концевая группа -NH₂ в соответствующей записи последовательности может указывать на амид; её нельзя молча отбрасывать при копировании спецификации. У IUPAC есть отдельные правила для замещённых аминокислот и концевых групп.
При сравнении документов записывайте порядок остатков, концевые обозначения и позиции модификаций в отдельные, чётко подписанные поля. Не сводите аннотированную последовательность к голой строке букв, чтобы затем считать два описания взаимозаменяемыми.
Как пользоваться таблицей при сравнении позиции каталога
Используйте таблицу как подсказку для чтения. Правильная расшифровка кодов не подтверждает идентичность, чистоту, доступное количество или документы текущей партии материала.
Для запроса на закупку запишите каталожный номер и скопируйте полную последовательность или описание идентичности из исходного документа. Отметьте любое расхождение для уточнения, прежде чем считать, что две карточки относятся к одному материалу.
В каталоге продукции и на странице контактов NorthVerity Bio описаны дальнейшие шаги для запроса по конкретной позиции. Укажите каталожный номер и точное поле, которое нужно уточнить.
Источники по обозначениям
Только для лабораторных исследований. Не для применения у людей или животных.