حاسبة الوزن الجزيئي للببتيد والكتلة المولية

كيف تحسب الوزن الجزيئي للببتيد

ابدأ بالتسلسل الدقيق والشكل الكيميائي. في سلسلة خطية طرفاها الأميني والكربوكسيلي حران، اجمع صيغ بقايا الأحماض الأمينية ثم أضف جزيء ماء واحدًا. صيغة البقية هنا هي صيغة الحمض الأميني الحر ناقص ⁨H₂O⁩. وبهذا يُحتسب الماء الذي يُفقد شكليًا عندما تربط الروابط الببتيدية البقايا.

وهناك طريقة مكافئة تبدأ بالأحماض الأمينية الحرة: تُجمع كتلها ثم تُطرح كتلة ماء واحدة عن كل رابطة ببتيدية. السلسلة غير المتفرعة وغير الحلقية المكونة من ⁨n⁩ بقية فيها ⁨n − 1⁩ رابطة ببتيدية في الهيكل. أما استخدام كتل البقايا ثم طرح ⁨n − 1⁩ من كتل الماء مرة أخرى فيحسب الفقد مرتين.

تستخدم الحاسبة طريقة صيغ البقايا. وتقبل الأحماض الأمينية القياسية العشرين بترميز الحرف الواحد الكبير، مع المجموعات الطرفية المختارة وعدد روابط ثنائي الكبريتيد داخل الجزيء. ولا تستنتج تسلسلًا من اسم منتج. إذا احتجت إلى فك رمز، فاستخدم جدول الأحماض الأمينية قبل الحساب.

جدول الأحماض الأمينية: رموز الحرف الواحد والأحرف الثلاثة

استخدم حاسبة الوزن الجزيئي للببتيد

مثال محلول: تسلسل من أربع بقايا

يعني ⁨AGKS⁩ ألانين–غلايسين–ليسين–سيرين، مقروءًا من الطرف ⁨N⁩ نحو الطرف ⁨C⁩. في هذا المثال الطرفان غير معدلين ولا توجد روابط ثنائي الكبريتيد. مجموع صيغ البقايا الأربع هو ⁨C₁₄H₂₅N₅O₅⁩، وبإضافة ⁨H₂O⁩ نحصل على صيغة الببتيد المتعادل ⁨C₁₄H₂₇N₅O₆⁩.

وفق اصطلاح الأوزان الذرية المنشور لهذه الحاسبة، تبلغ الكتلة المولية المتوسطة ⁨361.399 g/mol⁩ والكتلة أحادية النظير المتعادلة ⁨361.19613 Da⁩. هذه قيم محسوبة للنموذج الجزيئي المحدد، وليست قياسًا لعينة موردة ولا ادعاءً بشأن نقاوتها.

الكتلة المتوسطة والكتلة أحادية النظير تجيبان عن سؤالين مختلفين

تستخدم الكتلة المولية المتوسطة أوزانًا ذرية تمثل متوسطًا مرجحًا بحسب النظائر. وتعتمد هذه الأداة القيم المركزية في جدول ⁨CIAAW⁩ المختصر لعام ⁨2024⁩ للكربون والهيدروجين والنيتروجين والأكسجين والكبريت. وقد تختلف الحاسبات التي تعتمد جداول منشورة أخرى قليلًا في الخانات الأخيرة.

أما النتيجة أحادية النظير المتعادلة فتستخدم كتل ⁨NIST⁩ للنظائر ¹²⁨C⁩ و¹⁨H⁩ و¹⁨⁴N⁩ و¹⁨⁶O⁩ و³²⁨S⁩. وهي تصف تركيبًا نظيريًا محددًا لا متوسطًا على التوزيع النظيري الطبيعي. وتُذكر قمة مطيافية الكتلة عادة على أنها نسبة كتلة إلى شحنة ⁨m/z⁩، ويجب مراعاة الشحنة والبروتونات المضافة أو المنزوعة والنواتج الإضافية الأخرى قبل مقارنة القمة بكتلة متعادلة.

في حسابات التركيز، استخدم كتلة مولية وأساس كتلة متسقين مع وثائق المادة. عدد المنازل العشرية في الحاسبة لا يثبت دقة ميزان أو تحليل أو طيف كتلة. ولا تتحقق أي نتيجة عددية هنا من وجود التسلسل المطلوب.

التعديلات الطرفية وروابط ثنائي الكبريتيد تغير الصيغة

تصف تسميات الأطراف كيمياء تتجاوز سلسلة أحرف البقايا. أستلة طرف ⁨N⁩ حر تضيف ⁨C₂H₂O⁩ إلى الصيغة المتعادلة. وتحويل حمض طرفي ⁨C⁩ حر إلى أميد يضيف ⁨NH⁩ ويزيل ⁨O⁩. تعالج الأداة هذه التغييرات بخيارات منفصلة، لذلك لا يجوز لصق تسميات الأطراف في حقل التسلسل.

تكوين رابطة ثنائي الكبريتيد واحدة داخل الجزيء ينزع ذرتي هيدروجين من مجموعتي ثيول في بقيتي سيستين. لذلك تطرح الحاسبة ⁨H₂⁩ عن كل رابطة محددة، وترفض الأعداد التي تتطلب بقايا سيستين أكثر مما في التسلسل. والعدد وحده لا يحدد أي السيستينات مرتبطة.

ما الذي لا يشمله حساب التسلسل هذا

النموذج سلسلة واحدة بالأطراف وروابط ثنائي الكبريتيد المختارة. ويستبعد الأيونات المضادة مثل ثلاثي فلورو الأسيتات أو الأسيتات، والماء المتبقي، والمذيب، والوسم النظائري، والمعقدات الفلزية، والبقايا غير القياسية، والتعديلات التساهمية الأخرى. كما تتطلب الحلقنة من الرأس إلى الذيل والبنى المتفرعة أو متعددة السلاسل المرتبطة نموذجًا بنيويًا آخر.

اسم الملح لا يكفي لتحديد عدد ثابت من الأيونات المضادة. لا تضف عددًا مفترضًا منها لمجرد أن تشبه النتيجة المحسوبة ما على الملصق. سجّل الكيان الببتيدي والملح أو التركيبة والأساس التحليلي كلًا على حدة، وحلّ أي اختلاف بالرجوع إلى وثائق المورد.

ولترتيب التسلسل قيد مهم آخر: لـ ⁨AGKS⁩ و⁨SGKA⁩ تركيب البقايا نفسه. ومع الأطراف والتعديلات نفسها تكون لهما الصيغة الجزيئية نفسها والكتلة المحسوبة نفسها. لذلك لا تحدد الكتلة المتطابقة ترتيب التسلسل بشكل فريد. كما لا تحدد الحاسبة الكيمياء الفراغية.

اربط النتيجة بسجل المختبر

احفظ مع النتيجة التسلسل والمجموعات الطرفية وافتراض روابط ثنائي الكبريتيد واصطلاح الكتلة وتاريخ الحساب. إذا ذكر تقرير كتلة مختلفة، فراجع هذه المدخلات قبل تفسير الفرق. ولا يستطيع تقرير عن دفعة أخرى أو تسلسل قريب أن يحسم هوية عينتك.

تُستنتج الكمية المقابلة لملليغرام واحد من الكتلة المولية: ⁨nmol⁩ لكل ⁨mg = 1,000,000⁩ ÷ الكتلة المولية بوحدة ⁨g/mol⁩. وللجزيء ⁨AGKS⁩ المنمذج يساوي ذلك نحو ⁨2767.02 nmol⁩ لكل ⁨mg⁩. ويفترض هذا التحويل أن الملليغرام كتلة الببتيد المنمذج؛ فملليغرام من المادة المجففة بالتجميد الإجمالية قد يحتوي مكونات أخرى.

استخدم حاسبة المولارية والتخفيف المكملة عندما يكون لديك أساس كتلة موثق وحجم نهائي للمحلول. وتشرح أدلة ⁨NorthVerity⁩ عن الوزن الجزيئي وشهادة التحليل ⁨COA⁩ السجلات التي تقارنها عند مراجعة بند في الكتالوج أو طلب وثائق الدفعة المعروضة.

حاسبة المولارية والتخفيف والتخفيف المتسلسل

الوزن الجزيئي وCAS وحقول هوية PubChem

شهادة التحليل (COA): كيفية قراءة COA للببتيدات

أسئلة شائعة

هل يمكنني إدخال سجل ⁨FASTA⁩؟ أدخل التسلسل فقط. احذف العنوان والترقيم والتعليقات. تُتجاهل المسافات وفواصل الأسطر، لكن الرموز غير المدعومة والأحرف الصغيرة تُرفض ليبقى تنسيق الإدخال واضحًا.

هل يمكنني حساب ببتيد معدل أو حلقي؟ لا يُدعم إلا خيارات الأطراف وروابط ثنائي الكبريتيد داخل الجزيء المعروضة في الأداة. أما البنى الأخرى فتحتاج إلى صيغة مستمدة من البنية الجزيئية الكاملة.

هل تثبت الكتلة المتطابقة النقاوة؟ لا. الكتلة المحسوبة مرجع بنيوي. أما الهوية والنقاوة الكروماتوغرافية والمحتوى الصافي من الببتيد فمسائل مستقلة تتطلب أدلة مناسبة.