Расчёт выполняется в вашем браузере; инструмент не сохраняет и не отправляет введённые данные. Десятичные дроби можно вводить через запятую или точку.
Нейтральная формула одной цепи. Противоионы, растворитель, изотопные метки, разветвления и другие модификации не учитываются.
Как рассчитать молекулярную массу пептида
Начните с точной последовательности и химической формы. Для линейной цепи со свободными амино- и карбоксильным концами сложите формулы аминокислотных остатков, а затем добавьте одну молекулу воды. Формула остатка здесь — это формула свободной аминокислоты минус H₂O. Так учитывается вода, формально отщепляющаяся при соединении остатков пептидными связями.
Равноценный путь начинается со свободных аминокислот: их массы складывают и вычитают по одной массе воды на каждую пептидную связь. Неразветвлённая нециклическая цепь из n остатков имеет n − 1 пептидных связей в остове. Если взять массы остатков и затем ещё раз вычесть n − 1 масс воды, потеря будет учтена дважды.
Калькулятор использует способ через формулы остатков. Он принимает 20 стандартных аминокислот в однобуквенной записи заглавными буквами, а также выбранные концевые группы и число внутримолекулярных дисульфидных связей. Последовательность по названию продукта он не определяет. Если нужно расшифровать символ, сначала откройте таблицу аминокислот.
Таблица аминокислот: однобуквенные и трёхбуквенные обозначения
Разобранный пример: последовательность из четырёх остатков
AGKS означает аланин–глицин–лизин–серин в направлении от N-конца к C-концу. В этом примере оба конца не модифицированы и дисульфидных связей нет. Четыре формулы остатков в сумме дают C₁₄H₂₅N₅O₅; после добавления H₂O получается формула нейтрального пептида C₁₄H₂₇N₅O₆.
С опубликованной для этого калькулятора системой атомных масс средняя молярная масса равна 361,399 g/mol, а нейтральная моноизотопная масса — 361,19613 Da. Это расчётные значения для заданной молекулярной модели, а не измерение поставленного образца и не утверждение о его чистоте.
| Этап | Формула или число |
|---|---|
| Остатки | Ala, Gly, Lys, Ser |
| Пептидные связи остова | 3 |
| Сумма формул остатков | C14H25N5O5 |
| Добавить концевые H и OH | + H2O |
| Итоговая нейтральная формула | C14H27N5O6 |
Средняя и моноизотопная масса отвечают на разные вопросы
Средняя молярная масса использует атомные массы, усреднённые с учётом изотопов. Этот инструмент берёт центральные значения сокращённой таблицы CIAAW 2024 года для углерода, водорода, азота, кислорода и серы. Калькуляторы на основе других опубликованных таблиц могут немного расходиться в последних знаках.
Нейтральный моноизотопный результат использует массы NIST для ¹²C, ¹H, ¹⁴N, ¹⁶O и ³²S. Он описывает конкретный изотопный состав, а не среднее по природному распределению изотопов. Пик масс-спектрометрии обычно указывают как отношение массы к заряду, m/z; прежде чем сравнивать пик с нейтральной массой, нужно учесть заряд, присоединённые или отщеплённые протоны и другие аддукты.
Для расчёта концентраций используйте молярную массу и основу массы, согласованные с документацией на вещество. Число знаков после запятой в калькуляторе не подтверждает точность весов, анализа или масс-спектра. Ни один числовой результат здесь не подтверждает наличие запрошенной последовательности.
Концевые модификации и дисульфидные связи меняют формулу
Обозначения концов описывают химию сверх строки букв остатков. Ацетилирование свободного N-конца добавляет к нейтральной формуле C₂H₂O. Превращение свободной C-концевой кислоты в амид добавляет NH и убирает O. Инструмент учитывает эти изменения отдельными пунктами выбора, поэтому концевые обозначения не нужно вставлять в поле последовательности.
Образование одной внутримолекулярной дисульфидной связи отнимает два атома водорода у двух тиольных групп цистеина. Поэтому калькулятор вычитает H₂ на каждую указанную связь и отклоняет числа, для которых нужно больше остатков цистеина, чем есть в последовательности. Само число не определяет, какие цистеины соединены.
| Выбранное изменение | Поправка к формуле | Что нужно указать |
|---|---|---|
| N-концевое ацетилирование | + C2H2O | Ацетилированный N-конец |
| C-концевое амидирование | + NH − O | Амидированный C-конец |
| Одна внутримолекулярная дисульфидная связь | − H2 | Два остатка цистеина на связь |
Что не учитывает этот расчёт последовательности
Модель — одна цепь с выбранными концами и дисульфидными связями. Она не учитывает противоионы, например трифторацетат или ацетат, остаточную воду, растворитель, изотопные метки, комплексы с металлами, нестандартные остатки и другие ковалентные модификации. Циклизация «голова к хвосту», разветвлённые и многоцепочечные связанные структуры тоже требуют другой структурной модели.
Названия соли недостаточно, чтобы установить фиксированную стехиометрию противоионов. Не добавляйте предполагаемое число противоионов только для того, чтобы расчёт совпал с этикеткой. Записывайте отдельно пептидную форму, соль или состав и аналитическую основу и устраняйте расхождения по документам поставщика.
У порядка последовательности есть ещё одно важное ограничение: у AGKS и SGKA одинаковый состав остатков. При одинаковых концах и модификациях у них одна и та же молекулярная формула и одна расчётная масса. Совпадение массы поэтому не определяет порядок последовательности однозначно. Стереохимию калькулятор тоже не устанавливает.
Свяжите результат с лабораторной записью
Храните вместе с результатом последовательность, концевые группы, предположение о дисульфидных связях, систему масс и дату расчёта. Если в отчёте указана другая масса, проверьте эти данные, прежде чем истолковывать разницу. Отчёт по другой партии или по родственной последовательности не может подтвердить идентичность вашего образца.
Количество на один миллиграмм следует из молярной массы: нмоль на мг = 1 000 000 ÷ молярная масса в g/mol. Для моделируемой молекулы AGKS это около 2767,02 нмоль на мг. Пересчёт предполагает, что миллиграмм — это масса моделируемого пептида; миллиграмм лиофилизированного вещества брутто может содержать и другие компоненты.
Используйте сопутствующий калькулятор молярности и разведения, если у вас есть документированная основа массы и конечный объём раствора. Руководства NorthVerity по молекулярной массе и COA объясняют, какие записи сравнивать при проверке позиции каталога или при запросе документов на предложенную партию.
Калькулятор молярности и разведения растворов, серийное разведение
Частые вопросы
Можно ли ввести запись FASTA? Вводите только последовательность. Удалите заголовок, нумерацию и пометки. Пробелы и переносы строк игнорируются, но неподдерживаемые символы и строчные буквы отклоняются, чтобы формат ввода оставался однозначным.
Можно ли рассчитать модифицированный или циклический пептид? Поддерживаются только показанные в инструменте варианты концов и внутримолекулярные дисульфидные связи. Для других структур нужна формула, выведенная из полной структуры молекулы.
Доказывает ли совпадение массы чистоту? Нет. Расчётная масса — структурный ориентир. Идентичность, хроматографическая чистота и массовая доля пептида — отдельные вопросы, требующие подходящих доказательств.
Метод и справочные данные
Только для лабораторных исследований. Не для применения у людей или животных.