Calculadora de massa molar e peso molecular de peptídeos

Como calcular o peso molecular de um peptídeo

Comece pela sequência exata e pela forma química. Para uma cadeia linear com as extremidades amino e carboxila livres, some as fórmulas dos resíduos de aminoácidos e depois acrescente uma molécula de água. Aqui, a fórmula de um resíduo é a do aminoácido livre menos H₂O. Assim se contabiliza a água perdida formalmente quando as ligações peptídicas unem os resíduos.

Um caminho equivalente começa pelos aminoácidos livres: somam-se suas massas e subtrai-se uma massa de água para cada ligação peptídica. Uma cadeia não ramificada e não cíclica com n resíduos tem n − 1 ligações peptídicas no esqueleto. Usar massas de resíduos e depois subtrair de novo n − 1 massas de água contaria a perda duas vezes.

A calculadora usa o método das fórmulas de resíduos. Ela aceita os 20 aminoácidos padrão na notação de uma letra em maiúsculas, além dos grupos terminais escolhidos e do número de pontes dissulfeto intramoleculares. Ela não deduz uma sequência a partir do nome de um produto. Se precisar decifrar um símbolo, consulte antes a tabela de aminoácidos.

Tabela de aminoácidos: códigos de uma e de três letras

Usar a calculadora de peso molecular de peptídeos

Exemplo resolvido: uma sequência de quatro resíduos

AGKS significa alanina–glicina–lisina–serina, lida da extremidade N-terminal para a C-terminal. Neste exemplo, as duas extremidades estão sem modificação e não há pontes dissulfeto. As quatro fórmulas de resíduos somam C₁₄H₂₅N₅O₅; ao acrescentar H₂O, obtém-se a fórmula do peptídeo neutro, C₁₄H₂₇N₅O₆.

Com a convenção de pesos atômicos publicada para esta calculadora, a massa molar média é 361,399 g/mol e a massa monoisotópica neutra é 361,19613 Da. São valores calculados para o modelo molecular indicado. Não são uma medição de uma amostra fornecida nem uma afirmação sobre a sua pureza.

Massa média e massa monoisotópica respondem a perguntas diferentes

A massa molar média usa pesos atômicos que representam uma média ponderada pelos isótopos. Esta ferramenta usa os valores centrais da tabela resumida de 2024 da CIAAW para carbono, hidrogênio, nitrogênio, oxigênio e enxofre. Calculadoras que usam outras tabelas publicadas podem diferir um pouco nos últimos dígitos.

O resultado monoisotópico neutro usa as massas do NIST para ¹²C, ¹H, ¹⁴N, ¹⁶O e ³²S. Ele descreve uma composição isotópica específica, e não uma média sobre a distribuição isotópica natural. Um pico de espectrometria de massas costuma ser expresso como razão massa/carga, m/z; carga, prótons adicionados ou removidos e outros adutos precisam ser considerados antes de comparar um pico com uma massa neutra.

Para cálculos de concentração, use uma massa molar e uma base de massa coerentes com a documentação do material. O número de casas decimais de uma calculadora não comprova a exatidão de uma balança, de um ensaio ou de um espectro de massas. Nenhum resultado numérico aqui verifica que a sequência solicitada está presente.

Modificações terminais e pontes dissulfeto mudam a fórmula

As indicações terminais descrevem química que vai além da sequência de letras dos resíduos. Acetilar uma extremidade N-terminal livre acrescenta C₂H₂O à fórmula neutra. Converter um ácido C-terminal livre em amida acrescenta NH e remove O. A ferramenta trata essas mudanças como seleções separadas, por isso as anotações terminais não devem ser coladas no campo da sequência.

A formação de uma ponte dissulfeto intramolecular remove dois átomos de hidrogênio de dois tióis de cisteína. Por isso, a calculadora subtrai H₂ para cada ponte informada e recusa contagens que exigiriam mais resíduos de cisteína do que a sequência contém. A contagem sozinha não define quais cisteínas estão ligadas.

O que este cálculo de sequência deixa de fora

O modelo é uma única cadeia com as extremidades e as pontes dissulfeto escolhidas. Ficam de fora contraíons como trifluoroacetato ou acetato, água residual, solvente, marcações isotópicas, complexos metálicos, resíduos não padrão e outras modificações covalentes. A ciclização cabeça-cauda e as estruturas ramificadas ou com várias cadeias ligadas também exigem outro modelo estrutural.

O nome de um sal não basta para definir uma estequiometria fixa de contraíons. Não acrescente um número presumido de contraíons só para que um resultado calculado se pareça com um rótulo. Registre separadamente a entidade peptídica, o sal ou a formulação e a base analítica, e resolva qualquer divergência com os documentos do fornecedor.

A ordem da sequência tem outra limitação importante: AGKS e SGKA têm a mesma composição de resíduos. Com as mesmas extremidades e modificações, têm a mesma fórmula molecular e a mesma massa calculada. Portanto, uma massa coincidente não identifica de forma única a ordem da sequência. A calculadora também não estabelece a estereoquímica.

Ligue o resultado a um registro de laboratório

Guarde junto com o resultado a sequência, os grupos terminais, a hipótese sobre pontes dissulfeto, a convenção de massa e a data do cálculo. Se um laudo indicar outra massa, confira esses dados antes de interpretar a diferença. Um laudo de outro lote ou de uma sequência relacionada não resolve a identidade da sua amostra.

A quantidade correspondente a um miligrama resulta da massa molar: nmol por mg = 1.000.000 ÷ massa molar em g/mol. Para a molécula AGKS modelada, são cerca de 2767,02 nmol por mg. Essa conversão supõe que o miligrama é massa do peptídeo modelado; um miligrama de material liofilizado bruto pode conter outros componentes.

Use a calculadora complementar de molaridade e diluição quando tiver uma base de massa documentada e um volume final de solução. Os guias da NorthVerity sobre peso molecular e COA explicam quais registros comparar ao avaliar um item do catálogo ou ao pedir os documentos de um lote oferecido.

Calculadora de molaridade e diluição, com diluição seriada

Massa molar, peso molecular e número CAS: campos de identidade

O que é COA? Como ler o certificado de análise de um peptídeo

Perguntas frequentes

Posso inserir um registro FASTA? Insira apenas a sequência. Remova o cabeçalho, a numeração e as anotações. Espaços e quebras de linha são ignorados, mas símbolos não aceitos e letras minúsculas são recusados para que o formato de entrada fique explícito.

Posso calcular um peptídeo modificado ou cíclico? Só são aceitas as opções terminais e as pontes dissulfeto intramoleculares mostradas na ferramenta. Outras estruturas precisam de uma fórmula obtida a partir da estrutura molecular completa.

Uma massa coincidente comprova a pureza? Não. Uma massa calculada é uma referência estrutural. Identidade, pureza cromatográfica e conteúdo líquido de peptídeo são questões diferentes, que exigem evidências adequadas.