Calculadora de peso molecular de péptidos: masa molar y fórmula

Cómo calcular el peso molecular de un péptido

Empiece por la secuencia exacta y la forma química. Para una cadena lineal con el extremo amino y el extremo carboxilo libres, sume las fórmulas de los residuos de aminoácidos y después añada una molécula de agua. Aquí, la fórmula de un residuo es la del aminoácido libre menos H₂O. Así se contabiliza el agua que se pierde formalmente cuando los enlaces peptídicos unen los residuos.

Un camino equivalente parte de los aminoácidos libres: se suman sus masas y se resta una masa de agua por cada enlace peptídico. Una cadena no ramificada y no cíclica de n residuos tiene n − 1 enlaces peptídicos en el esqueleto. Si se usan masas de residuo y luego se restan otra vez n − 1 masas de agua, la pérdida se cuenta dos veces.

La calculadora usa el método de las fórmulas de residuo. Acepta los 20 aminoácidos estándar en notación de una letra en mayúsculas, junto con los grupos terminales elegidos y el número de puentes disulfuro intramoleculares. No deduce una secuencia a partir del nombre de un producto. Si necesita descifrar un símbolo, consulte antes la tabla de aminoácidos.

Tabla de aminoácidos: códigos de una y tres letras

Usar la calculadora de peso molecular de péptidos

Ejemplo resuelto: una secuencia de cuatro residuos

AGKS significa alanina–glicina–lisina–serina, leída del extremo N-terminal al C-terminal. En este ejemplo ambos extremos están sin modificar y no hay puentes disulfuro. Las cuatro fórmulas de residuo suman C₁₄H₂₅N₅O₅; al añadir H₂O se obtiene la fórmula del péptido neutro, C₁₄H₂₇N₅O₆.

Con la convención de pesos atómicos publicada para esta calculadora, la masa molar media es 361,399 g/mol y la masa monoisotópica neutra es 361,19613 Da. Son valores calculados para el modelo molecular indicado. No son una medición de una muestra suministrada ni una afirmación sobre su pureza.

La masa media y la masa monoisotópica responden a preguntas distintas

La masa molar media usa pesos atómicos que representan un promedio ponderado por isótopos. Esta herramienta usa los valores centrales de la tabla abreviada de la CIAAW de 2024 para carbono, hidrógeno, nitrógeno, oxígeno y azufre. Las calculadoras que usan otras tablas publicadas pueden diferir ligeramente en las últimas cifras.

El resultado monoisotópico neutro usa las masas del NIST para ¹²C, ¹H, ¹⁴N, ¹⁶O y ³²S. Describe una composición isotópica concreta, no un promedio sobre la distribución isotópica natural. Un pico de espectrometría de masas suele expresarse como relación masa/carga, m/z; antes de comparar un pico con una masa neutra hay que considerar la carga, los protones añadidos o eliminados y otros aductos.

Para calcular concentraciones, use una masa molar y una base de masa coherentes con la documentación del material. El número de decimales de una calculadora no establece la exactitud de una balanza, un ensayo o un espectro de masas. Ningún resultado numérico de esta página verifica que la secuencia solicitada esté presente.

Las modificaciones terminales y los puentes disulfuro cambian la fórmula

Las indicaciones terminales describen química que va más allá de la cadena de letras de los residuos. Acetilar un extremo N-terminal libre añade C₂H₂O a la fórmula neutra. Convertir un ácido C-terminal libre en amida añade NH y quita O. La herramienta trata estos cambios como selecciones separadas, así que las anotaciones terminales no deben pegarse en el campo de la secuencia.

La formación de un puente disulfuro intramolecular elimina dos átomos de hidrógeno de dos tioles de cisteína. Por eso la calculadora resta H₂ por cada puente indicado y rechaza los recuentos que requieren más residuos de cisteína de los que contiene la secuencia. El recuento por sí solo no establece qué cisteínas están unidas.

Qué deja fuera este cálculo de secuencia

El modelo es una sola cadena con los extremos y los puentes disulfuro elegidos. Excluye contraiones como el trifluoroacetato o el acetato, el agua residual, el disolvente, los marcajes isotópicos, los complejos metálicos, los residuos no estándar y otras modificaciones covalentes. La ciclación cabeza-cola y las estructuras ramificadas o de varias cadenas unidas también requieren otro modelo estructural.

El nombre de una sal no basta para establecer una estequiometría fija de contraiones. No añada un número supuesto de contraiones solo para que un resultado calculado se parezca a una etiqueta. Registre por separado la entidad peptídica, la sal o la formulación y la base analítica, y resuelva cualquier discrepancia con los documentos del proveedor.

El orden de la secuencia tiene otra limitación importante: AGKS y SGKA tienen la misma composición de residuos. Con los mismos extremos y modificaciones, tienen la misma fórmula molecular y la misma masa calculada. Por tanto, una masa coincidente no identifica de forma única el orden de la secuencia. La calculadora tampoco establece la estereoquímica.

Relacione el resultado con un registro de laboratorio

Guarde con el resultado la secuencia, los grupos terminales, la hipótesis de puentes disulfuro, la convención de masa y la fecha del cálculo. Si un informe indica otra masa, revise estos datos antes de interpretar la diferencia. Un informe de otro lote o de una secuencia relacionada no puede resolver la identidad de su muestra.

La cantidad que corresponde a un miligramo se obtiene de la masa molar: nmol por mg = 1 000 000 ÷ masa molar en g/mol. Para la molécula AGKS modelada, son unos 2767,02 nmol por mg. Esta conversión supone que el miligramo es masa del péptido modelado; un miligramo de material liofilizado bruto puede contener otros componentes.

Use la calculadora complementaria de molaridad y dilución cuando tenga una base de masa documentada y un volumen final de solución. Las guías de NorthVerity sobre peso molecular y COA explican qué registros comparar al revisar un artículo del catálogo o al pedir los documentos de un lote ofrecido.

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Certificado de análisis (COA): cómo leer el COA de un péptido

Preguntas frecuentes

¿Puedo introducir un registro FASTA? Introduzca solo la secuencia. Quite el encabezado, la numeración y las anotaciones. Los espacios y los saltos de línea se ignoran, pero los símbolos no admitidos y las minúsculas se rechazan para que el formato de entrada sea explícito.

¿Puedo calcular un péptido modificado o cíclico? Solo se admiten las opciones terminales y los puentes disulfuro intramoleculares que muestra la herramienta. Otras estructuras necesitan una fórmula obtenida de la estructura molecular completa.

¿Una masa coincidente demuestra la pureza? No. Una masa calculada es una referencia estructural. La identidad, la pureza cromatográfica y el contenido neto de péptido son cuestiones distintas que requieren pruebas adecuadas.